Podskupiny
Super Junior - K.R.Y.
Prvá podskupina Super Junior - K.R.Y. (Kyuhyun, Ryeowook, Yesung) debutovala v novembri 2006, keď naspievala hlavnú pesničku ku kórejskej dráme Hyena s názvom "The One I Love" na televíznom programe KBS. Špecializuje sa na trúchlivé pesničky, R&B - štýl balady.
Super Junior-T
Ďalšia podskupina, Super Junior-T, sa objavila vo februári roku 2007 - ich prvým singlom sa stal "Rokkugo", dva dni na to s ním debutovala na Popular Songs. Členovia sú Leeteuk (leader), Heechul, Shindong, Eunhyuk, Kangin a Sungmin. Pretože chceli s novou podskupinou zoznámiť aj ďalších potenciálnych fanúšikov, tak s pomocou známej ženskej komediálnej dvojice Moeyan (majú talent pre skríženie vtipu s tancom a spevom) v Japonsku zaspievali Rokkugo na jap. verzií, "ROCK & GO".
Super Junior-M
Super Junior-M, ako tretia SuJu podskupina, prišla neskôr - v októbri roku 2007. SM Entertainment ich predstavila ako skupinu slúžiacu nielen k utuženiu dobrých vzťahov so susednou Čínou. Kým ich vytvorenie spôsobilo krátky spor medzi fanúšikmi a manažmentom, zaznamenali fenomenálny úspech na strane čínskeho obyvateľstva - mali tak možnosť usporiadať viac ako dva kompletne vypredané koncerty v Hong Kongu a stali sa tými, o ktorých sa najviac hovorilo. Súčasne sa tak stali hudobnou skupinou č. 1 v podpisovaní zmlúv s Čínou. Špecializujú sa na čínsky spievané piesne a kórejske prerábky songov Super Junior.
Členmi SuJu-M sú: Hangeng (líder, pred tým ako odišiel), Siwon, Kyuhyun, Donghae, Ryeowook a ZhouMi s Henrym - tí dvaja poslední ako jediní nie sú členmi pôvodných SuJu. Hangeng bol po svojom odchode nahradený Sungminom a Eunhyukom.
Super Junior-Happy
Keďže skoro polovica členov momentálne nemohla byť v Kórei prítomná a chcelo sa zabrániť zmiznutiu SuJu z kórejských hudobných rebríčkov, bola toho istého roku vytvorená ďalšia a (zatiaľ) posledná podskupina. Skladá sa z piatich členov zo SuJu-T + Yesunga, nesie názov Super Junior-Happy. Dňa 5. júna 2008 vydali svoj prvý singel "Cooking? Cooking!".